El sabio Mutis nació en Cádiz España, el 6 de Abril de 1732, en el seno de una familia burguesa dedicada al comercio de libros. Estudió gramática y filosofía en el colegio de San Francisco de los Jesuitas. Mas tarde Medicina (1748-1753) en la Universidad de Sevilla y Cirugía (1749 – 1752) en el Colegio de Cirugía de su ciudad natal. Durante su formación Universitaria realizó practica clínicas en el Hospital de Marina de Cádiz. En 1757 Mutis va a Madrid para obtener el titulo de Médico que. a la sazón. otorga el Tribunal Real del Protomedicato y entra como Médico de la cámara de la corte.
Un año mas tarde perfecciona sus conocimiento botánicos en el madrileño Jardín Botánico del Soto de Migas Calientes del que era director Joshep Quer y Martinez (1695 – 1764) y que había sido creado por Fernando VI don años antes. Miguel Barnades (- 1771), sucesor de Quer en la dirección del Jardín le convierte en linneano incondicional y conoce a Klas Alströmer, a punto de viajar a América, promete enviar a Linneo (1707 – 1778) colecciones de productos naturales del Nuevo Continente. Llegó a Cartagena de Indias en Octubre de 760.
Mutis se convirtió en el primer científico que introdujo los conocimeintos de la ciencia moderna en este territorio. En 1772, a los 40 años, se ordenó sacerdote y un año después el Virrey le sugirió regresar a España. Sin embargo, su vida ya estaba unida permanentemente a la Nueva Granada. En 1977 Carlos III creó el Real Gabinete de Historia Natural y Antonio Caballero y Góngora fue nombrado arzobispo de Santa Fe; cuando en 1782 fue escogido como Virrey, autorizó un permiso de la corona a Mutis para que preparará una expedición – que iba a durar 33 años – y que tendría una importancia extraordinaria para la historia natural. El mecenazgo de la Corona permitió a Mutis adquirir, libros, instrumental, instalaciones, pagar a naturalistas, pintores, etc. Creó un taller de pintores en el que se realizaron 6000 láminas en color y otras tantas en blanco y negro.
La expedición, fue iniciada inicialmente el 1 de Abril de 1783 como la Expedición Botánica del Nuevo Reino de Granada y fue escogida Mariquita como sede de la expedición. Esta población esta situada en el Valle del alto Magdalena, cerca de Ibagué. La provincia o gobierno de Mariquita del Virreinato de Santa Fé del Nuevo Reino de Granda abarcaba una buena parte de los territorios que hoy forman parte de Caldas, en Norte y Centro de Tolima y porción Suroccidental de Cundinamarca, en lo correspondiente a los municipios de Tolima y Guataqui. En el año de 1776, cuando se convirtió en sede del gobierno provincial, tenia cerca de dos mil habitantes. Y en la zona rural no existía indicios asentamientos humanos. La gente trabajaba poco ya que el trabajo pesado lo realizaban los esclavos y la única importancia de la población era la fama de ser rico por sus distritos mineros.
En Mariquita Mutis se ocupo en buscar vivienda, el naturalista estableció su hogar en una sencilla edificación con un techo de teja y rodeado de patios. Los trabajos de ilustración fueron desarrollados por grandes pintores de Europa y América como: Pablo Antonio García, Pablo Caballero, Sebastian Mendéz, Mariano Hinojosa, Antonio Nicolas, Javier Cortes, Francisco Dávila, Pedro Almanza, Camilo Quezada y pintores formados por Mutis, Salvador Rizo y Francisco Javier Matiz. Frecuentemente, para los trabajos de dibujo complementarios faltaban en Mariquita los materiales de origen Europeo. Por consiguiente, logran producir los colores vegetales las mezclas que habían utilizado los indigenas requería un estudio especial, que hicieron con sumo cuidado.
En 1784, fue nombrado miembro de la Academia de Ciencias de Estocolmo, el Jardín Botánico de Madrid y de la Real Academia de Medicina. La enemistad entre Mutis y Casimiro Gomez Ortega (1741 – 1818), entonces director del Jardín Botánico Madrileño, hizo que el gaditano no enviara material alguno a la Capital, como hicieron los integrantes de otras expediciones, sino que funciono con completa independencia de la dirección Madrileña. A principios del siglo XIX la empresa científica de Mutis había llegado a un desarrollo tal que se produjo una diferenciación en secciones independientes de la parte botánica que dirigía Mutis: la sección geográfico – astronómica (al frente de la cual estaba Francisco José de Caldas) y la zoológico – antropológica (de Jorge Tadeo Lozano).
El 11 de Septiembre de 1808 moría de una apoplejia en Santa Fe a lo 76 años. Fue sepultado con gran pompa el día 12 en el presbiterio de la Iglesia de Santa Inés, desde donde años después fue transladado a la Capilla de la Bordadita en la Universidad del Rosario en Bogotá, donde reposas sus restos.